圣方濟各教堂是圣馬力諾最古老、最富藝術性的建筑，位于首都圣方濟各門右側，建于14世紀，這座小教堂的建筑形式類似澳門一般教堂的巴羅克式建筑。教堂的外墻為白色，橢圓形窗戶及一座鐘樓，教堂前有一座紀念碑，以紀念當地1910年戰(zhàn)勝海盜一役。教堂正門上方懸一石匾，刻有公元1361年1月動工興建等字樣和一只頭戴王冠、展翅欲飛的雄鷹浮雕，其旁還有一戴冕頭像的浮雕。

教堂的主祭臺上，有十分珍貴的14世紀木刻耶穌像和建于1405年小巧而精美的古鐘樓。在帶有拱頂的回廊上有14、15世紀的儀仗十字架，13世紀的圣骨匣及其他宗教器物、墓碑、壁畫和各個時期的繪畫。圣方濟各教堂還曾是圣馬力諾學社的舊址，培育出過一批知名的神職人員，如今它又成為圣馬力諾的旅游勝地，吸引著世界各地的游客。