普寧寺屬藏傳佛教中黃教的寺廟，座北朝南，建筑在山坡之上，占地面積三萬三千平方米，是一座漢藏建筑藝術巧妙結合在一起的寺廟。該寺的平面布局是一條明顯的中軸線貫穿南北，主題建筑都位于中軸線上，呈縱深式對稱格局,以大雄寶殿為界，前半部是典型漢式伽藍七堂式建筑，主要建筑有山門鐘鼓二樓、天王殿、東西配殿和大雄寶殿，后半部式按照西藏桑鳶寺建建造反映佛教世界宇宙觀的藏式曼陀羅，而反映佛教世界中心的建筑大乘之閣建在后半部建筑的中心位置。
山門是普寧寺的前門，是一座寬為五間的門殿，門內供有守護佛法的二天神，俗稱哼哈二將 ，手持金剛杵，護持佛法左為密執(zhí)金剛，右為那邏延金剛，像高4.34米,質地為木骨泥塑。在山門前原有四柱九樓木牌坊三座，牌坊前是廣場，每年正月十三日，喇嘛在此舉行打鬼的宗教儀式。山門兩側有東西掖門，以里左右各有寶幢一根，院正中坐落碑亭，亭內置御制石碑三通。
碑文分別為：《普寧寺碑文》、《平定準葛爾勒銘伊梨之碑》、《平定準葛爾后勒銘伊梨之碑》，這三通碑文分別記述了興建普寧寺的淵源、清政府平定達瓦齊、阿睦爾撒納叛亂的始末，均用滿蒙漢藏四種文字鐫刻，充分展示了我國是一個多民族統(tǒng)一，有豐富的民族文化的國家。
碑亭北為天王殿，面闊五間，進深三間，綠剪邊黃琉璃瓦單檐歇山頂，殿內主供有布袋和尚，四大天王，以及護法神韋陀像 ，王殿前左右相對為鐘，鼓二樓，天王殿東西砌腰墻，辟門，組成普寧寺的第一進院落 。

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